Zgodnie z deklaracją podpisaną przez instytuty należące do PIN PAN, porozumienie zostało zawarte w celu pogłębienia współpracy między instytutami naukowymi PAN, reprezentacji ich wspólnych interesów, podjęcia działań na rzecz ich wzmocnienia, a także wypracowania propozycji legislacyjnych w zakresie ich roli i zadań.

PIN PAN powstał jako związek instytutów, uznających autonomię instytutów naukowych PAN, w tym szczególnie ich osobowość prawną, samorządność, bezpośrednie finansowanie z MNiSW, prawo do nadawania stopni naukowych, oraz sprzeciwiających się projektom reformy PAN, które owej autonomii nie uwzględniały bądź uwzględniały ją tylko w części, np. powołaniu Uniwersytetu Polskiej Akademii Nauk (UPAN) lub włączeniu instytutów PAN do uniwersytetów. PIN PAN od początku głosił ideę rozwoju i poprawy jakości badań prowadzonych w instytutach w oparciu o horyzontalne sposoby współpracy ze środowiskiem uniwersyteckim, warunkiem czego była właśnie owa autonomia.

Rozwijana od jesieni 2016 r. koncepcja UPAN z wielu względów nie spotkała się z przychylnością dużej części instytutów Akademii, a także środowiska uniwersyteckiego w Polsce. Uważano m.in., że unikalną jakością instytutów jest ich charakter stricte badawczy, co w połączeniu z autonomią prawno-finansową gwarantuje wysoką jakość prowadzonych badań, zaś niektóre z nich, w szczególności wieloletnie projekty badawcze, może być wykonywana tylko w instytutach, które nie są obciążone dydaktyką na poziomie magisterskim i licencjackim. Wskazywano również na trudności logistyczne związane z przekształceniem Akademii w nowy uniwersytet oraz na nieuchronne zmiany w sposobie finansowania działalności naukowej instytutów.

7 lipca 2017 r. w Olsztynie, podczas wspólnego posiedzenia Prezydiów PAN, KRASP oraz Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego, z udziałem ówczesnego Wiceministra MNiSW prof. Łukasza Szumowskiego, prof. Marek Jeżabek, dyrektor Instytutu Fizyki Jądrowej PAN , przedstawił informację o stanie współpracy między instytutami PAN a uczelniami. Była to pierwsza publiczna prezentacja koncepcji alternatywnej do UPAN.

20 lipca 2017 r. w Pałacu Staszica w Warszawie, podczas spotkania dra Jarosława Gowina, Wicepremiera i Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, z władzami Akademii i dyrektorami instytutów, profesorowie Mikołaj Sokołowski (dyrektor Instytutu Badań Literackich PAN), Feliks Przytycki (dyrektor Instytutu Matematycznego PAN) i Marek Jeżabek przedstawili prezentację dotyczącą współpracy instytutów z uczelniami i organizacji szkół doktorskich. Materiały z prezentacji przekazano Premierowi Gowinowi. Prezes PAN prof. Jerzy Duszyński zaproponował wówczas powołanie zespołu, który opracowałby projekt alternatywny do UPAN. Decyzją Prezesa PAN z d. 1 sierpnia 2017 r. powołano Zespół do spraw opracowania koncepcji tworzenia horyzontalnych powiązań między instytutami PAN a uczelniami; kierownikiem Zespołu został prof. Jeżabek.

Jednym z efektów prac był dokument „Horyzontalne powiązania jednostek naukowych PAN z uczelniami” , przygotowany przez zespół redakcyjny pod kierunkiem prof. Małgorzaty Witko, dyrektor Instytutu Katalizy i Fizykochemii Powierzchni PAN. Członkami zespołu byli również prof. Maciej Eder (dyrektor Instytutu Języka Polskiego PAN), prof. Marek Jeżabek, prof. Tadeusz Januszkiewicz (zastępca dyrektora IM PAN ds. Naukowych), prof. Lech Mankiewicz (dyrektor Centrum Fizyki Teoretycznej PAN), prof. Feliks Przytycki, dr Dorota Siwicka (zastępca dyrektora IBL PAN ds. Naukowych), prof. Mikołaj Sokołowski i prof. Anna Zielińska (dyrektor Instytutu Slawistyki PAN).

Podczas Narodowego Kongresu Nauki w Krakowie 20 września 2017 r. odbyła się, zorganizowana przez prof. Duszyńskiego, sesja pt. „Koncepcje rozwoju Polskiej Akademii Nauk”. Prace Zespołu zostały wówczas zreferowane przez prof. prof. Witko i Jeżabka. To właśnie w czasie Kongresu spontanicznie zrodziła się idea powołania samorządnej organizacji zrzeszającej instytuty PAN – Porozumienia Instytutów Naukowych Polskiej Akademii Nauk. 23 lutego 2018 r., podczas zorganizowanej przez Prezesa PAN konferencji regionalnej w Warszawie, prof. Mikołaj Sokołowski, wybrany na Przewodniczącego Rady PIN PAN, ogłosił zawarcie Porozumienia i przedstawił jego główne założenia i cele. Ideę powołania PIN PAN sygnowało pierwotnie 12 instytutów , które w liście rozesłanym 9 listopada 2017 r. do pozostałych instytutów informowały, że „w ostatnich dniach, popierając warunki graniczne funkcjonowania instytutów naukowych PAN (autonomia, samorządność i osobowość prawna oraz bezpośrednie finansowanie z MNiSW) i kierując się potrzebą realizacji idei samorządności instytutów” powołują rzeczone Porozumienie. Do listu dołączono deklarację przystąpienia do PIN PAN , sugerując jednocześnie, iż „istnienie wspólnej płaszczyzny wymiany opinii i doświadczeń jest dziś konieczne”. Sygnatariuszami Porozumienia jest obecnie 29 instytutów PAN , 7 kolejnych ma status obserwatora.

Pierwsze uroczyste otwarte posiedzenie PIN PAN odbyło się d. 2 grudnia 2017 r. w siedzibie Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN. Od marca 2019 roku Przewodniczącym Rady PIN PAN jest prof. Lech Mankiewicz.